El Doctorado en Historia aplicada es el nuevo programa académico que ofrece el CIDE a través de la División de Historia, creada en el 2000. Con este posgrado se busca consolidar el proyecto inicial que ofrece una Licenciatura y una Maestría en Historia Internacional.
En el posgrado se busca aplicar las técnicas de la historia a otras disciplinas y crear una comunidad con ellas. Así, los historiadores formados en el Doctorado serán capaces de entender a la historia desde tres enfoques diferentes: aplicación práctica en proyectos de política pública, su papel en el desarrollo de proyectos de humanidades digitales y la difusión de la disciplina en diversos medios.
El programa de estudios contempla pequeños seminarios y tutoriales, junto con una interacción constante entre estudiantes y profesores. Las líneas de investigación planteadas en la MHI reflejan la diversidad temática y metodológica que se ofrecen.
Algunas de las líneas de investigación son Historia de las Américas, Historia de Europa, Historia digital y aplicada, Historia global y transnacional e Historia política, del derecho y de las instituciones.
