La Maestría en Economía fue el primer programa académico con el que el CIDE inició sus labores, en 1974. Todo comenzó cuando Trinidad Martínez Tarragó convence a las autoridades gubernamentales de crear un centro de público de investigación en ciencias sociales.
En cuanto a la población estudiantil, más del 95% vienen de universidades públicas y ha sido una tradición desde hace 45 años recibir a estudiantes del extranjero, principalmente de América Latina y Estados Unidos.
El CONACYT reconoce a la Maestría en Economía en la categoría más alta en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad, es decir, que el programa académico es competente a nivel internacional.
El 52% de los egresados quedan en posiciones como apoyo en la toma de decisiones o toma de decisiones del sector público y no tardan más de tres meses en colocarse en el mercado laboral. Otro 25% van al sector privado, principalmente a bancos, el resto van a organismos internacionales.