El diario El Universal lanzó su sumplemento anual de Las Mejores Universidades de 2016 en México en el que evalúa desde dos metodologías diferentes a las Instituciones de Educación Superior (IES):
1. Ranking de Instituciones
2. Ranking de Programas
El Centro de Investigación y Docencia Económicas, A.C. ocupa el puesto 6 en el ranking general de IES, con una evaluación de 9.41, superado por sólo por la UNAM, la UAM, la UANL, la UDLAP y la U. Anáhuac.
En el ranking por programas el CIDE quedó de la siguiente manera: