El programa del doctorado en Ciencia Política del CIDE se divide en torno a cinco grandes ejes temáticos en el estudio de la política: 1) Instituciones políticas, 2) Representación, democracia y ciudadanía, 3) Orden, conflicto y violencia, 4) Economía política y 5) Relaciones internacionales.

Instituciones Políticas
En este eje temático se estudia el origen, efectos y cambio de las reglas formales e informales que estructuran el comportamiento las personas, grupos y organizaciones dentro de un régimen político democrático. Se discutirán las distintas perspectivas existentes para el estudio de las instituciones políticas nacionales e internacionales, la distribución institucional y territorial de poderes en el estado, y los sistemas electorales y de partidos.  Se examinará también el problema del cambio institucional, así como las causas y los efectos de las instituciones en regímenes no democráticos.

Representación, democracia y ciudadanía
Este eje está dirigido a analizar la evolución histórica y los componentes conceptuales del sistema representativo moderno, los problemas de conceptualización y medición de regímenes democráticos, y los determinantes del comportamiento del votante y la opinión pública. Se discutirán tres tópicos interrelacionados: representación, democracia y ciudadanía. En el primero se reflexionará sobre los orígenes del gobierno representativo, el desarrollo del constitucionalismo y las teorías en torno a la representación política. En el segundo se estudiarán distintos modelos y teorías de la democracia, sus justificaciones normativas, y los problemas relativos a la medición y comparación de la democracia con otros regímenes políticos. Respecto a la ciudadanía, se examinarán las bases de la opinión pública, el papel de la cultura política, la relación entre elecciones y representación y la participación ciudadana.

Economía Política
Se examina aquí la relación entre la política, el Estado y el mercado. En particular, se estudia cómo las personas, los grupos de interés y las instituciones influyen en el desarrollo económico dentro y entre países. Para ello, los(as) estudiantes que elijan la concentración de Economía Política analizarán, entre otros temas, los distintos modelos de crecimiento económico, los efectos de las instituciones y decisiones políticas sobre el desempeño económico, las causas y consecuencias de cambios estructurales y tecnológicos, y la interacción entre el régimen fiscal y el desarrollo económico.

Orden, conflicto y violencia
En este eje temático se analizarán los determinantes sociales del orden y el conflicto político. Con este propósito, el/la estudiante profundizará sobre los fundamentos, estructura y formación del estado moderno, la formación y cambio de regímenes políticos, el comportamiento de la sociedad civil y las distintas manifestaciones de la violencia política. El entendimiento del conflicto social y político será una preocupación central de esta área, sobre todo para explicar las causas y consecuencias de la protesta social, las guerras internacionales y civiles, y la violencia proveniente del estado y los grupos criminales.

Relaciones Internacionales

Este eje se ocupa de debates y preguntas propias de la política internacional, tomando como premisa la ausencia de un poder global coercitivo, centralizado y legítimo. Se discutirán enfoques teóricos que han buscado analizar e interpretar el ejercicio de la política entre los estados y más allá de los estados, en particular con respecto a las causas y los mitigantes de los conflictos interestatales, las condiciones que facilitan la cooperación internacional, y el rol de los agentes no estatales en el ámbito internacional. Quienes decidan concentrarse en Relaciones Internacionales podrán profundizar e intervenir en debates actuales, incluyendo la política de los regímenes normativos internacionales (derechos humanos, derecho penal internacional); economía política internacional; seguridad internacional; cooperación ambiental internacional; la gobernanza global; la evolución y el futuro de las organizaciones internacionales y regionales; y el análisis de la política exterior y la diplomacia mexicana.