El programa del Doctorado en Historia Aplicada (DHA) está registrado en el Sistema Nacional de Posgrados (SNP) como posgrado público de investigación (categoría 1) del CONAHCYT. Esto implica que las y los postulantes, tanto nacionales como extranjeros, que cumplen con los requisitos del proceso de admisión, son elegibles para la beca de manutención por parte de CONAHCYT. El CIDE no cobra colegiatura.
El doctorado tiene una duración de 4 años (ocho semestres).