La División de Economía se crea con el propio inicio de CIDE, en 1974. Desde su creación, la misión de la División ha sido realizar investigación de calidad, y formar estudiantes en las metodologías e ideas de la economía moderna, que bien puedan insertarse en el sector público, privado, o la propia academia. El enfásis en una primera etapa, 1974-1988, fue formar cuadros de alto nivel para la toma de decisiones de política económica en el sector público. En esta etapa, la División priorizó el estudio de la economía mexicana en el contexto internacional para impactar en las políticas del estado. En esta etapa comenzó a funcionar su primera publicación institucional, la revista Economía Mexicana. Desde principios de los 1990s se modernizó la División, con la contratación de profesores jóvenes con grado de doctor. Esto incidió positivamente en el objetivo de realizar investigación rigurosa, pertinente y basada en evidencia. Se relanzó entonces la maestría en economía y se creó la licenciatura en economía. Ambos programas alcanzaron un continuado prestigio nacional e internacional.

Desde 2000, la División de Economía ha consolidado un claustro con alrededor de 25-30 investigadoras e investigadores con estudios de doctorado en universidades de alto prestigio internacional. Las líneas de investigación son diversas e incluyen las áreas de Economía del Comportamiento y Experimental, Contratos y Organizaciones, Desarrollo Económico, Econometría, Finanzas Públicas, Historia Económica, Organización Industrial, Comercio Internacional, Economía del Trabajo, Macroeconomía, Microeconomía, Economía Política y Economía Pública. En 2012 inicia la publicación de la revistal Latin American Economic Review (LAER), actualmente con nivel Q1 en el Scopus/Scimago. La División de Economía está considerada como uno de los tres mejores departamentos en México para estudiar, realizar investigación y docencia en el área de economía.