El CIDE está organizado en seis divisiones académicas que corresponden a las áreas disciplinarias en las que el Centro se especializa. Las seis divisiones se vinculan a través de la participación de sus directores en diversas instancias como juntas de profesores, comités de evaluación de planes de estudios, de elaboración de tesis y de servicios social, entre otros. Asimismo, esta estructura académica propicia la participación de los profesores en proyectos de investigación y docencia interdisciplinarios.